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一、工程合同怎么会无效呢
工程合同可能因以下几种情形被认定无效：
第一，主体资质不符。若承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级，签订的工程合同无效。即便在建设工程竣工前承包人取得相应资质等级，合同也可能因前期不符合规定而无效。此外，没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义签订的合同，同样无效。
第二，招标违法。建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的，所签订的工程合同无效。例如招标过程存在串标、围标等违法行为，会导致中标无效，从而使合同失去法律效力。
第三，转包、违法分包。承包人将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人，以及违法分包的情形，均会导致合同无效。
第四，违反工程规划。建设工程没有取得建设工程规划许可证等规划审批手续，工程合同可能被认定无效，不过发包人在起诉前取得建设工程规划许可证等规划审批手续的除外。
工程合同无效会给当事人带来一系列法律后果，如工程价款的结算、损失的承担等，所以签订合同时需谨慎，确保合同合法有效。
二、工程无效合同怎么处罚
工程无效合同的处罚需依据具体情况判定。
从建设行政主管部门角度，对于导致合同无效的过错方，若涉及超越资质等级承揽工程，可责令停止违法行为，处以罚款，可责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书；有违法所得的，予以没收。对于转包、违法分包的承包单位，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
从民事赔偿角度，依据《民法典》规定，合同无效后，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。若建设工程经验收合格，可参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人；若建设工程经验收不合格且修复后仍不合格，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
此外，若工程无效合同涉及刑事犯罪，如建设单位、施工单位行贿受贿、串通投标等，将依法追究刑事责任。
三、工程合同无效哪些有效
工程合同无效时，以下条款可能仍然有效：
1.争议解决条款：合同中约定的仲裁条款、选择管辖法院的条款、关于解决争议适用法律的条款等，即便合同无效，这些条款依然有效。当合同各方因合同无效产生争议时，应依据该条款约定的方式解决纠纷。
2.清理结算条款：合同无效后，对工程价款的结算、已完成工程的清理等事项的约定通常有效。若建设工程经竣工验收合格，承包人可请求参照合同约定支付工程价款；工程质量不合格但经修复后合格的，发包人应支付工程价款，但承包人需承担修复费用；修复后仍不合格的，承包人则无权请求支付工程价款。
3.保密条款：如果合同中包含保密条款，合同无效不影响该条款效力。当事人对在合同订立、履行过程中知悉的对方商业秘密、技术秘密等信息，仍需承担保密义务。
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